В ИС ЭСФ предусмотрена возможность обмена короткими сообщениями между поставщиком и получателем, с помощью которого можно в рамках определенного электронного счета-фактуры отправлять и получать сообщения. Таким образом, имеется возможность  пояснить получателю причину и необходимость отзыва или других действий, выполненных поставщиком. Сообщения, отправляемые с помощью сервиса обмена сообщениями, не подписываются электронной цифровой подписью отправителя, поэтому не являются электронными документами и не имеют юридической силы.